重庆中药专业市场的前身是由渝中区储奇门羊子坝中药市场和朝天门综合交易市场药材厅合并而来。由于场地狭小、规模不大，严重制约了市场的发展。1993年底，在重庆市渝中区政府的统一规化下，市场迁入现址。于1994年1月28日正式开业。其后根据国务院国发（1994）53号文《关于进一步加强药品管理工作的紧急通知》的要求，经过一系列整改，由当时省、市二级政府主管部门的审查验收并经重庆市人民政府同意，于1996年6月底将《开办中药材专业市场申请表》及有关资料上报国家有关部委。国家中医药管理局、卫生部、国家工商行政管理局1996年7月6日联合以国医药生（1996）29号文批准设立的全国首批八家中药材专业市场之一。

      重庆中药材专业市场的综合管理市场实行“政府领导、各方支持、工商管理、企业经营“的管理原则。在市、区政府领导下、由药监、工商、税务、公安共同组成管委会，负责市场的综合管理和统筹协调工作。市场管委会下设办公室、药品质量监督管理所、工商所、税征室、治安室，专顶负责，公开办事程序，各施其职，做到市场管理规范化、制度化，使市场朝着规范的方向发展。